La Federazione Cinologica Italiana, a cui fa capo l'ENCI (Ente Nazionale Cinofilia Italiana) attribuisce paternità e tutela della razza chihuahua al Messico.
Infatti il suo nome deriva dal capoluogo di una regione al confine con gli USA e la sua storia sembra affondare le proprie radici in quelle delle civiltà precolombiane.
Già prima del XIII secolo popolazioni come gli Inca mostravano un forte legame con il "cane nudo messicano" (chiamato così poichè considerata l'alta temperatura corporea era privo i peli), il quale veniva usato per curare malattie e per questo fu reso oggetto di culto in quanto considerato "inviato dagli dei".
Il Chihuahua è considerato un suo lontano parente ma bisognerà arrivare al 1000 d.c. per trovare i primi allevatori di questa razza. L'anno 1000 d.c. rappresenta la fine dell'età classica dei Maya che dominavano quella regioni insieme alla decadente civiltà ei Teorihuacàn, a quando nel 400 a.c. erano decaduti gli Olmechi.
I primi allevamenti degli antenati dei Chihuahua, al tempo chiamati Tolchichi, provengono proprio da quel momento storico e prendevano il nome dalla civiltà dei Toltechi.
I Toltechi I toltechi (o toltec o tolteca) erano un popolo nativo americano dell'epoca precolombiana che dominò gran parte del Massico centrale fra il X el il XII secolo.
Essi costruirono la piramide di Cholula sulla quale appaiono scolpite piccole figure di cani molto molto simili ai chihuahua. Sono state inoltre ritrovate piccole sculture del medesimo periodo negli scavi di Colima rappresentati piccoli cani con tutte le caratteristiche tipiche dei chihuahua e dei loro progenietori Tolchichi ossia testa a mela, stop accentuato e coda a falcetto.
Presso i Toltechi essi venivano adorati e venerati in quanto era diffusa la credenza che  il chihuahua dovesse accompagnare l'anima del padrone nell'aldilà data la sua capacità di comunicare con il dio Sole.
E' nota l'usanza nella cultura precolombiana di modificare la forma del cranio di persone e animali per avvicinarsi alla sfera divina pertanto il nostro piccolo Fido  grazie alla caratteristica del suo cranio bombato sarebbe divenuto un vero e proprio messaggero degli dei. Il cranio del chihuahua ha infatti un punto del cranio in cui le ossa non si saldano completamente e danno origine alla cosidetta fontanella tramite la quale gli dei tramite la quale gli dei avrebbero permesso di comunicare con loro. Tale qualità fece sì che l'animale fosse posseduto solo dalla classe sacerotale e principesca.